Ensimmäisinä vuosina perustamisen jälkeen seuran toimintaa suuntautui etupäässä kenttätyöhön. Retkikuntia ja yksityisiä henkilöitä lähetettiin harjoittamaan kenttä- ja arkistotutkimusta näiden kansojen asuttamilla alueilla. Ennen Venäjän vallankumousta monet uralilaisten kielten ja kulttuurien tutkijat ehtivät kerätä mittavan ja pian korvaamattomaksi osoittautuneen aineiston kenttätyömatkoillaan.

Ajanmittaan Seuran pääasialliseksi toiminnaksi on tullut kerätyn aineiston ja tutkimusten julkaiseminen. Seura jatkaa usean sarjan julkaisemista: Aikakauskirjaa (ilmestynyt 92 nidettä), Toimituksia (262), Lexica (33; useat sanakirjat ovat moniosaisia), Kansatieteellisiä julkaisuja (19) ja Apuneuvoja suomalais-ugrilaisten kielten opintoja varten (15). Yhdessä Helsingin yliopiston kanssa Seura julkaisee Uralica Helsingiensia ja Castrenianumin toimitteita ‑sarjoja.

Julkaisutoimintansa lisäksi Suomalais-Ugrilainen Seura myöntää stipendeja ja apurahoja tieteellisiin tutkimuksiin ja aineistojen keräämiseen. Seuran arkisto ja kokoelmat ovat tutkijoiden käytettävissä. Joka vuosi Seura järjestää keskimäärin yhdeksän kokousta ja esitelmää.

Nyt Suomalais-Ugrilaiseen Seuraan kuuluu noin 800 jäsentä, joiden joukossa on vakinaisia jäseniä, kunniajäseniä ja ulkojäseniä.

Seuran esimies on professori Ulla-Maija Forsberg. Seura sijaitsee Mariankadulla Helsingissä.

Seuran sivustolla voi lukea vuosikertomuksia Seuran toiminnasta ja tietoja sen uusimmista julkaisuista ja tilata ne. Sen lisäksi, Julkaisut –jaksossa on uusien julkaisujen esittelyjä, ja jotkut kirjat on saatavilla kokoteksteinä.